troylatroy provavelmente está correto. Também pode ser o seu leitor de cartões está falhando. É possível que nem todos os arquivos sejam perdidos. Use o ddrescue a partir do terminal para tentar a recuperação. Use um arquivo de log para que o ddrescue possa funcionar como pretendido. O manual pode ser encontrado aqui: link
O exemplo 9 do manual menciona especificamente seu problema.
Eu usei com sucesso o ddrescue muitas vezes para recuperar dados de dispositivos de armazenamento com falha.