Você adicionaria xclip as Depends nos cabeçalhos dos pacotes. A melhor maneira de fazer isso depende muito de como você está empacotando o kernel.
Se você está construindo a partir dos pacotes do Ubuntu, o arquivo debian/control contém atualmente:
Depends: ${misc:Depends}, binutils, bzip2, coreutils | fileutils (>= 4.0)
Basta adicionar xclip ao final:
Depends: ${misc:Depends}, binutils, bzip2, coreutils | fileutils (>= 4.0), xclip
Se você está construindo outra maneira, pode ser mais fácil adicionar a dependência após o fato. Um pacote é apenas um arquivo compactado. Você ainda pode entrar e editar o arquivo control depois que algo foi empacotado, mas precisará renunciar a ele (se estiver assinando).