Eu faria algo como
sudo rsync -avx --exclude=".gvfs" / /path/to/backup/folder/
(A opção -x faz ignorar outros sistemas de arquivos, o que faz com que funcione mesmo em um sistema em execução, o que é ótimo para backups!) Você vai querer fazer este passo para cada partição que você decidir fazer o backup.
Depois de ter as partições do jeito que você quer e o Windows instalado, eu iria inicializar um Ubuntu LiveCD / USB. Em seguida, monte a nova partição e a partição de backup e execute algo como
sudo rsync -avx --exclude=".gvfs" /path/to/backup/folder/ /path/to/new/mounted/partition/
Você vai querer fazer este passo para cada partição que deseja restaurar.
Execute sudo blkid
para obter o uuid de cada uma das novas partições. Então corra
gksudo gedit /path/to/new/mounted/partition/etc/fstab
e altere os UUIDs e salve o arquivo.
Então, eu seguiria as instruções em Reinstalando o Grub2 do LiveCD no "Método 3- Chroot "para instalar o Grub e permitir que ele detecte o novo layout do disco.