OK, eu trabalhei. O processo responsável por verificar as pastas do usuário no login e criá-las, se não existirem, é xdg-user-dirs
. A lista de pastas padrão pode ser editada, mas deixei-as no padrão. Eu instalei o pacote:
sudo apt-get install xdg-user-dirs
Então eu fiz o logout e entrei novamente. Minhas pastas de usuários onde estão, no meu diretório de casas e usando os ícones especiais.