O Bootsect é para unidades MBR, desde que você tenha o Windows 8 Eu diria que você está usando o UEFI. Antes de fazer um reparo você deve descobrir quantas partições UEFI você tem e onde o Ubuntu está atualmente armazenado ou você pode acabar incapaz de inicializar o Ubuntu ou o Windows.
Instalar o Bootloader do Windows 8 no sistema UEFI:
bcdboot C:\Windows /s S: /f UEFI
Leituras Adicionais: link