Então resolvi o problema:
-f pulse -i "alsa_input.pci-0000_00_1b.0.analog-stereo" \
-f pulse -i "alsa_output.pci-0000_00_1b.0.analog-stereo.monitor" \
-filter_complex amix=inputs=2:duration=longest:dropout_transition=3 \
fez a coisa toda em um github link