Eu tenho a ferramenta de linha de comando AWS Elastic Beanstalk em execução na minha máquina virtual Ubuntu 12.04 LTS, mas só posso fazê-la funcionar se eu definir a localização do EB para a pasta exata do site que vou implantar. Eu teria pensado que poderia ter colocado isso em algum lugar genérico e chamado em qualquer local onde eu estava. É assim que eu estou tendo que configurá-lo no momento:
export PATH=$PATH:/home/lee/websites/my-specific-website-folder/aws-cli/eb/linux/python2.7/
Você precisa ir para o diretório em que deseja que o comando eb esteja disponível e exportar o caminho. Cada subdiretório terá acesso a eb. No seu caso eu acho que você deveria ir para o seu diretório home (cd ~ /) e então rodar o mesmo comando. Ele deve estar disponível para todos os diretórios específicos do seu site.