Eu finalmente consegui uma solução para instalar o sdo no Ubuntu 12.10. Primeiro, eu fiz o downgrade do PHP para a série 5.3.x, usando este script e instruções aqui: link
Em seguida, baixei uma versão corrigida do sdo daqui: link
Por fim, atualizei o código da seguinte forma:
Edite sdo.cpp - remover todos os modificadores "estáticos", exceto "static char rcs_id [] ..."
Edite commonj / sdo / SDODataConverter.cpp - adicione "#include < stdio.h >"
e depois eu simplesmente executei os comandos usuais para compilar:
phpize
./configure
make
make install
Então eu verifiquei que o sdo foi compilado visitando phpinfo.php no meu servidor, e tudo estava funcionando: