ls -a é usado para listar arquivos que começam com . (ponto), que são arquivos ocultos. Então, você quer ver também os arquivos ocultos no seu gerenciador de arquivos.
No Nautilus , o gerenciador de arquivos padrão no Ubuntu, você pode ver os arquivos ocultos pressionando Ctrl + H .
Para alterar permanentemente, você precisa ativar Mostrar arquivos ocultos e de backup em Arquivos → Preferências , Visualizações tab:
