Encontrei já.
Em /usr/share/themes/theme/gtk-3.0/gtk-widgets.css
:
GtkOrientable {
background-color: @theme_bg_color;
}
Alterou para:
GtkOrientable {
background-color: rgba(0, 0, 0, 0);
}
Agora, o bloco cinza desapareceu e todos os itens do menu são transparentes, como deveria ser.