Quando você chegar à janela "Tipo de instalação", escolha a opção "Algo mais". Não me lembro exatamente, mas acho que permite que você faça manualmente partições para o Ubuntu a partir da unidade que você quiser.
Eu tenho 2 unidades de 320 GB no meu computador. Tenho o Windows 7 instalado na unidade C: Como instalo o Ubuntu no Drive D e ainda tenho o recurso de inicialização dupla?
Quando você chegar à janela "Tipo de instalação", escolha a opção "Algo mais". Não me lembro exatamente, mas acho que permite que você faça manualmente partições para o Ubuntu a partir da unidade que você quiser.