Um não basta conectar um iPod e esperar que ele funcione - a menos que você esteja usando o Mac OS.
É o mesmo com o Windows - lá você precisa do iTunes.
Quando eu usava um iPod, costumava usar gtkPod
para gerenciar a música no dispositivo.
Até onde eu sei, há um plugin do iPod para o Rhythmbox já instala (não sei dizer, usando o Amarok), dê uma olhada em isso .