Infelizmente, não entendo qual é a pergunta.
Estou usando o pacote Cups PDF (que você pode instalar via sudo apt-get install cups-pdf
), que adiciona uma nova impressora PDF à sua lista de impressoras e salva automaticamente todos os documentos impressos com ela em /home/<user>/PDF/
.
Eu não notei nenhum bug como o que você descreveu com isso, também rodando o Ubuntu 12.04. Se você não estiver usando dessa maneira, pode ser uma solução simples.