O Windows (geralmente) não é instalado em um HDD com outro sistema operacional além do Windows
Seu instalador do Windows tem um utilitário para escolher uma partição? Alguns deles não.
Em caso afirmativo, há uma grande chance de reconhecer seu disco como quebrado, já que você tem uma partição de sistema de arquivos diferente de NTFS, FAT e FAT32.
Mas se você não for reinstalar o Windows (você pode simplesmente movê-lo), ele deve ser relativamente seguro. Bem ... Seguro se você é bom em redefinir o registro e reescrever o setor de inicialização. É assim: link
Se você não for, o disco de recuperação do Windows poderá salvá-lo.