Se eu tivesse o seu hardware e estivesse largando o Windows completamente como você menciona no seu comentário, eu instalaria o sistema operacional no SSD montado em / e usaria as opções do instalador para montar uma das unidades de 500 GB em / home. HD de 500 GB Eu provavelmente manteria em reserva e montaria conforme necessário para backups. Eu acho que você vai achar que tem muito espaço e ter um plano de backup é sempre uma ideia fabulosa. Você pode pular o LVM completamente, já que ele não está na sua zona de conforto e há sempre maneiras fáceis de lidar com o armazenamento em crescimento em um sistema Linux como o Ubuntu.
Divulgação completa: na verdade, tenho três sistemas de configuração exatamente como este.
Em resposta à sua edição sobre manter os 500 GB internos como sobressalentes ou montá-los quando você também tem um externo de 500 GB que você está usando para backup: eu ainda o manteria como sobressalente e o montaria conforme necessário. Digamos que você colecione muitas fotos e vídeos e descubra, um dia, que uma dessas pastas está ocupando metade do seu espaço. Você pode montar temporariamente a peça sobressalente em / mnt / whatever, mv todos os arquivos da pasta sobrecarregada para a unidade sobressalente e, em seguida, desmontar e remontar à sua pasta de fotos ou vídeos original. O resultado final é um aumento contínuo do espaço onde você mais precisa.