Embora nos comentários você tenha dito que a solução proposta resolveu seu problema, gostaria de saber se você tentou criar dois hosts virtuais diferentes para o Apache, para poder acessar cada pasta através de diferentes .local
domains.
Para saber como criar um vhost, este guia de linodos parece bastante direto
Para saber como adicionar .local
domains ao seu arquivo de hosts, você pode editar /etc/hosts
usando o gedit ou qualquer editor de texto de sua preferência.
Esta postagem em uma lista de e-mails da Debian há alguns meses deve guiá-lo para que isso funcione.
Desta forma, você configurará um ambiente de desenvolvimento mais organizado em sua máquina local. Você ainda pode precisar do mod_rewrite se os webapps / websites que você está criando o exigem, mas não para evitar o problema de URL localhost/one/
feio.