Parece que o arquivo da lista de fontes de software mencionado em suas mensagens de erro foi corrompido de alguma forma.
Exclua o arquivo de lista inválido e, em seguida, deixe apt
buscá-lo novamente no servidor de repositório:
sudo rm /var/lib/apt/lists/developer.download.nvidia.com_compute_cuda_repos_ubuntu1604_x86%5f64_Release
sudo apt update