Eu não consegui identificar uma causa raiz, mas confirmei o mesmo comportamento em uma máquina virtual Kubuntu 12.04 e parece ser um problema específico para o uso do Konsole como o emulador x-terminal padrão.
Como solução alternativa, você pode tentar definir um emulador de terminal diferente em geany explicitamente usando Preferences --> Tools --> Terminal
, por exemplo.
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