Eu tive o mesmo problema no Ubuntu 14.04 usando Nvidia 331.38 e pude corrigi-lo executando sudo nvidia-settings
enquanto as duas telas estavam funcionando, selecionando a aba "X Server Display Configuration", clicando em "Save to X Configuration File" botão e salvando em /etc/X11/xorg.conf
Agora posso suspender e retomar com as duas telas voltando!