Se você tentou desinstalar o Wubi, mas o Ubuntu ainda está lá, tente "Uninstall-Ubuntu.exe" no Ubuntu Wiki:
Eu instalei o Wubi de uma unidade flash e movi-o para o Windows (suponho, posso inicializar sem a unidade flash agora)
Eu usei add / remove programs para desinstalar o Ubuntu, mas ainda consigo inicializá-lo na inicialização e tudo parece rodar muito bem.
Como nas perguntas semelhantes que foram feitas, eu tentei o bcedit, mas as duas entradas que apareceram foram ambas para o Windows.
Estou planejando instalar o Ubuntu ou o Mint em sua própria partição, mas gostaria de limpar o que sobrou do Wubi primeiro
Se você tentou desinstalar o Wubi, mas o Ubuntu ainda está lá, tente "Uninstall-Ubuntu.exe" no Ubuntu Wiki: