Desculpas, eu não sou um guru do Fluxbox. Se eu estivesse na sua situação, eu leria esses links e abordaria novamente o problema: Link 1 , Link 2 .
O link 1 fornece o comando "Reiniciar a Xsession":
sudo /etc/init.d/gdm restart
Mas, fazer logout faz o mesmo (o que você tentou). Se você puder instalar o software, também poderá desinstalá-lo, possivelmente assim:
sudo apt-get remove fluxbox or sudo apt-get purge fluxbox
"Ctrl-Alt-t" é outra tecla de atalho para chegar ao Terminal. Boa sorte.
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Tente instalar o Nautilus :
sudo apt-get install nautilus