Por padrão, o MySQL inicia mais processos ("threads") para melhorar o desempenho. Se você está familiarizado com o Apache, ele faz a mesma coisa.
Se você quiser limitar o número de threads, você vai querer limitar o número de conexões. Você pode usar a variável max_user_connections para fazer isso ou com recentes versões (5.5+) você pode limitá-las por usuário .