Eu sempre usei o rsync para fazer backup do meu diretório home para um NAS. Eu me importo apenas com meus dados. Instalar o Ubuntu e aplicativos de repositórios após um desastre completo é relativamente fácil de qualquer maneira. Você pode usar o dd para copiar toda a imagem do disco, se quiser, mas sinceramente acho que é inútil no mundo Linux.
Aqui estão as instruções (e uma lista de software de clonagem) para clonagem manual: link