Verifique se você está alternando entre espaços de trabalho ou desktops? É diferente e se você estiver usando o Compiz, você deve usar apenas uma área de trabalho com vários espaços de trabalho. (você pode alterar essas configurações abrindo o Gerenciador de Configurações de Configuração do Compiz na seção Geral
define o número de desktops como 1.