Você tentou usar o Monitor do Sistema para forçar a eliminação do processo da janela? Isso geralmente se livra de janelas irritantes que param e não querem fechar sem danificar o compiz do Ubuntu (pelo menos na minha experiência de que o Windows não está se comportando corretamente).
Também por experiência eu tenho o Cairo Dock instalado e se você tem o seu terminal (o que aparece ligado ao dock quando aberto) no dock eu descobri que você ainda pode usar o terminal mesmo em momentos em que você não pode usar o seu terminal do ambiente de desktop que me salvou em momentos quando eu pensei que a instalação do meu Ubuntu foi arruinada. De qualquer forma, se você tiver o Cairo Dock instalado, você deve a partir do terminal executar a linha (sem as aspas):
"compiz --replace"
Isso reinicia o compiz quando coisas indesejáveis ocorrem como quando ele trava ou falha.