Você não deve forçar o desligamento do sistema. Se está fazendo coisas, você espera até o fim. Especialmente se estiver aplicando atualizações. Isso ocorre porque seu sistema pode ficar em um estado inconsistente e quebrar algo realmente ruim.
Então, como consertar isso? Comece a instalar as atualizações você mesmo, deve ser um bom começo.