Eu suponho que você está terminando a gravação pressionando Ctrl+C no terminal. Isso termina o programa sem deixá-lo terminar o que foi iniciado. O que isso significa é que parte do áudio ainda não foi processado. O problema é com o tempo do processador, você tem muita carga acontecendo com a conversão de vídeo em tempo real e, assim, o áudio é armazenado em buffer e processado rapidamente como um lote de alguns segundos. Quando você termina o programa, há sempre algum áudio no buffer que ainda não foi processado.
Uma abordagem simples seria apenas aguardar um pouco antes de terminar a gravação.
Se você está aberto para usar outro software, você também pode usar RecordMyDesktop, que gera vídeos Ogg + Theora e funciona muito bem no meu sistema.