link documenta como remapear os botões em um mouse. Para citar:
Alguns dispositivos apontadores têm um estranho mapeamento de botões, portanto, precisam de alguns ajustes para corresponder à percepção das coisas de X. Tais ajustes podem ser realizados em tempo de execução com xinput - encontre seu dispositivo na lista de xinput e execute xinput set-button-map 1 2 3 6 7, substituindo esses números pelo mapeamento de botões necessário. Você pode encontrá-lo procurando outras pessoas com o mesmo hardware ou talvez precise brincar e ver o que funciona.
Aqui está a explicação da página manual de xinput (1) sobre a opção --set-button-map:
--set-button-map device map_button_1 [map_button_2 [...]] Change the button mapping of device. The buttons are specified in physical order (starting with button 1) and are mapped to the logical button provided. 0 disables a button. The default button mapping for a device is 1 2 3 4 5 6 etc.
Isso deve permitir mapear novamente o botão do meio do mouse para que ele seja detectado corretamente como o botão do meio do mouse.