Tente alterar o argumento "boost-python-libname" para configure.py em:
--boost-python-libname=boost_python-mt-py
para:
--boost-python-libname=boost_python-mt-py27
Adicionando o 27 será vinculado diretamente à biblioteca que você diz ter instalado
Isso é o que funcionou para mim no Ubuntu 12.04 com a instalação manual do CUDA 5.5 (não do repositório do Ubuntu).