Regra 1: Use o que você conhece melhor
Como você está mais familiarizado com a área de trabalho do Ubuntu, instale a área de trabalho. Em segundo lugar, você precisará de algum tipo de GUI (a área de trabalho) para executar o software de digitalização.
Escolha seu desktop com sabedoria:
32 bits: como o driver do scanner é de 32 bits.
12.04LTS: Esta versão continuará recebendo atualizações de segurança por mais três anos, enquanto o 13.10 deixará de receber atualizações em julho de 2014. Em abril, a nova versão LTS será lançada (14.04LTS), que será suportada por 5 anos após essa data.
Primeiro, tente "Simple Scan", o software de digitalização padrão com o seu scanner. Muitas vezes não precisa de drivers extras. Se isso não funcionar, instale o arquivo deb e tente novamente.
Presumo que o servidor de arquivos forneça arquivos para máquinas Windows.
Para isso, você desejará instalar o SAMBA. Veja Como eu uso o Ubuntu Server como servidor de arquivos? para detalhes sobre como configurá-lo. Talvez seja necessário ajustar o arquivo de configuração do SAMBA depois que você conectar o computador à rede que ele servirá.
Veja também a documentação de configuração oficial do SAMBA para o Ubuntu 12.04LTS.
Melhor