Você não pode instalar janelas em um computador que já tenha um sistema operacional não Windows funcionando e espere que ele funcione (com notável exceção do Boot Camp da Apple).
A melhor opção IMO é que o Windows funcione primeiro, corrigindo o MBR. Parece que o MBR é lavado.
Uma vez que você pode inicializar no Windows, você pode reinstalar o Ubuntu e corrigir os problemas de partição.
Espero que isso ajude.