Sim, isso não eliminará algumas partições como vemos aqui. Se o sistema está funcionando bem, eu não me preocuparia muito. A única maneira de ser 100% seguro seria você inicializar a partir do instalador do ubuntu novamente, fazer um formato profundo do disco rígido e reinstalar o Ubuntu nele com o instalador normal. Então você vai ter certeza de que apenas o Ubuntu é deixado e tudo o que está lá é como deveria ser. Não que você não tenha problemas no futuro, mas você certamente não irá se deparar com problemas estranhos relacionados à partição ou com dados remanescentes que possam interferir de alguma forma.