Você não está dizendo a versão do ClamTK, mas assumindo que você está em uma versão tardia do Ubuntu (por exemplo, Saucy / 13.10), a versão fornecida no Ubuntu Software Center (ou Synaptic) deve ser v4.41 ou algo parecido . (Observe que o aplicativo ClamTK GUI tem um controle de versão separado do núcleo clam deamon / clamscan, que está na versão 0.98).
Antes de tudo, recomendo fazer o download e instalar a versão mais recente do ClamTK (atualmente v5.05) no link (escolha o pacote .deb do Debian e permita que o Gdebi ou o Ubuntu instalem, provavelmente começarão quando você escolher abrir o arquivo). A GUI da versão 5 é muito mais rica que a da série v4.
Ao abrir o ClamTK GUI, você deve selecionar "Update Assistant" e escolher "Eu gostaria de atualizar as assinaturas" (a menos que você tenha configurado manualmente um cron job ou similar). O Ubuntu não atualiza automaticamente as assinaturas AV clam (até onde eu sei ... não aconteceu em nenhum dos meus sistemas).
Depois de ter selecionado a opção manual acima, volte para a tela inicial do ClamTK e selecione "Scheduler". Agora você terá outra janela que permite definir uma hora do dia para o seu computador verificar / atualizar assinaturas (definições de vírus). A mesma janela também permitirá que você agende uma verificação diária do seu diretório pessoal.
Finalmente, você deve voltar para a tela inicial do ClamTK e clicar em "Configurações". Nesta janela, você também deve marcar (ativar) a opção "Verificar atualizações para este programa". (A menos que você perceba um problema de desempenho, você deve marcar todas as opções para permanecer o mais seguro possível.)
Espero que isso tenha sido útil! :-) alfs