A pasta "0" estava sempre lá. O Android agora é capaz de vários usuários e, portanto, cada usuário tem sua própria pasta "inicial", começando em "0". Quando você está "logado" como usuário, você não vê o número, apenas o conteúdo.
Quanto à limpeza, não acho que a partição de recuperação seja afetada pelo Ubuntu Touch. Ele só precisava ser instalado para poder gravar o arquivo zip. Se você abrir o aplicativo no Android e seguir o procedimento de desinstalação, ele removerá o Ubuntu Touch do telefone.
Se você quiser uma resposta mais definitiva, terá mais sorte em um site de suporte do Android em vez do Ubuntu.