Estou tendo exatamente o mesmo problema e não consegui encontrar uma solução ideal. No entanto, há uma solução alternativa. Meus fones de ouvido funcionarão corretamente no Windows se eu desligar o computador primeiro e depois inicializar no Windows. Usar 'Restart' do Ubuntu ou Windows ainda irá resultar em problemas de áudio no Windows.
Portanto, não é ideal, mas funciona para mim (ou seja, eu só uso o Windows para jogar, e é apenas um pequeno incômodo para desligar e ligar apenas para o Windows).