Se foi uma atualização, seus arquivos devem estar intactos, a menos que você tenha escolhido "Apagar disco e instalar o Ubuntu" ou "Outra coisa" (e configurá-lo manualmente para fazer isso) isso não deveria ter acontecido.
Você talvez usou um nome de usuário diferente e agora tem uma nova pasta pessoal? Check in / home / para quaisquer outras diretorias.
Se ele realmente desaparecer (e você não tiver backup), inicie um live cd imediatamente. Você pode recuperar arquivos, mas usar o sistema e permitir que ele grave mais em disco aumenta a chance de seus dados serem irrecuperáveis.
Dê uma olhada aqui .