Eu tive problemas semelhantes após uma atualização recente para o 16.04 com um Ralink corp. RT2561 / RT61.
Para mim, a solução foi editar o default-wifi-powersave-on.conf com
sudo gedit /etc/NetworkManager/conf.d/default-wifi-powersave-on.conf
e altere wifi.powersave = 3 para wifi.powersave = 0
Eu não tive problemas desde então. Talvez isso funcione tão bem para você quanto para mim.
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