Minha primeira pergunta seria: você reiniciou seu computador? Isso geralmente pode corrigir muitos problemas. Qual versão do Ubuntu você está executando?
Em seguida, tente executar o aplicativo Monitor do Sistema (gnome-system-monitor para desktops Unity ou GNOME) e procure os processos em execução em segundo plano. Às vezes, esses programas permanecem em execução em segundo plano, mesmo após você clicar no X. Você pode usar o Monitor do sistema para forçosamente finalizar esses processos e, em seguida, você deve ser capaz de iniciar os programas novamente.