Para tornar um programa seu padrão; clique com o botão direito em qualquer arquivo .torrent no seu computador, "properties", vá para a aba "abrir com". Escolha o programa que você gosta e defina como padrão.
Isso configuraria o programa padrão para abrir arquivos .torrent, mas não mudaria o programa que abre os links magnéticos (infelizmente).
Definir o programa que abre os links magnéticos é um pouco mais difícil. Tente seguir este ou tente me seguir:
Primeiramente, precisamos verificar se o arquivo ".desktop" do seu programa (em /usr/share/applications ) tem essa linha:
MimeType=application/x-bittorrent;application/x-torrent;
Para verificar, abra o editor de texto (chamado gedit) e clique em "abrir" até a esquerda e, em seguida, navegue até o arquivo .desktop do seu programa. Como declarado; você deve encontrá-lo na pasta /usr/share/applications . Depois de abri-lo, procure por "MimeType" (pressionando Ctrl + f e digitando "MimeType" na caixa que aparece).
... Se você descobriu que tem essa linha, prossiga. (se não, basta colocar a linha. Modifique a linha existente.) Feche o gedit.
Agora que fizemos a verificação; abra o arquivo /usr/share/applications/defaults.list (da mesma maneira que você abriu o arquivo .desktop). Procure por "x-scheme-handler / magnet" (o mesmo caminho também). Se você achou, faça parecer assim:
x-scheme-handler/magnet=YOURPROGRAM.desktop;
Substitua YOURPROGRAM pelo programa que você deseja definir como padrão. O nome deve corresponder exatamente ao nome do arquivo .desktop do seu programa.
exemplo: x-scheme-handler/magnet=kde4-ktorrent.desktop;