O Windows 7 só pode inicializar em unidades GPT se o computador estiver executando UEFI, certifique-se de que a UEFI de suas placas-mãe não esteja em execução no CPM herdado (Modo de compatibilidade com BIOS para sistemas operacionais herdados). Se o seu hardware for muito novo, provavelmente utilizará a nova revisão da UEFI projetada para o Windows 8, embora o Windows 7 seja usado em revisões mais antigas e não inicialize em sistemas que tenham a nova revisão do UEFI. Alternativamente, você pode formatar seu disco rígido como MBR e configurar seu UEFI para funcionar no modo legado de CPM (BIOS), depois reinstalar o Ubuntu e o Windows 7 alegremente.
A outra possibilidade é que, se você não criou uma partição FAT32 (EFI BOOT), que poderia alternativamente causar o problema, como o Windows exige essa partição para gravar informações de inicialização EFI em vez de um setor de inicialização MBR, você pode criar esta parição você mesmo do Ubuntu, apenas certifique-se de sinalizá-lo como boot e colocá-lo como a 1ª parição na unidade. O Windows também às vezes fica irritado se você não permitir que ele crie uma partição MSR.
Você deve começar a inserir seu UEFI e verificar as configurações para ver se ele está sendo executado no modo CPM ou não.
Uma vez que você tenha certeza de que não está rodando no modo CPM, apague o disco rígido, instale o windows 7, encolha a partição do Windows usando Gparted em um live CD do Ubuntu, e instale o Ubuntu no espaço livre.