Apenas um palpite vago:
cp -pu bin/* /opt/YHyM/bin/
Isso não copia diretórios inteiros e resulta em um erro, como
cp: omitting directory 'bin/BTOP'
Você tentou usar a opção -r do comando cp
cp -pur bin/* /opt/YHyM/bin/
em vez disso?
Btw, faria sentido para você encurtar a geração da árvore de diretórios usando
BASEDIR="/opt/YHyM"
if [[ ! -d ${BASEDIR} ]]; then
mkdir -p ${BASEDIR}/{bin,data,utl/gradssc}
fi