Não, essas atualizações são dos desenvolvedores, mas normalmente elas são seguras, se você acabou de instalar o ubuntu, você não adicionou ppa (outras fontes) então você tem apenas oficiais ppa que são confiáveis. Portanto, podemos considerar todas essas atualizações como seguras e é recomendável fazê-las. E para sua segunda pergunta, essas atualizações podem ser para software, sistema ou kernel.