O comportamento de roubar o foco de Cinnamon parece ser uma questão de algum debate. Veja o rastreador de bugs do Cinnamon:
No momento não parece haver uma solução na baunilha Canela. :)
No entanto, convém usar o hack proposto pelo usuário ac000 na edição # 1727:
Comente a linha
window.activate(global.get_current_time());
na função
_onWindowDemandsAttention : function(display, window)
no arquivo /usr/share/cinnamon/js/ui/windowAttentionHandler.js
. Observe, no entanto, que isso impedirá que qualquer janelas roubem o foco quando precisarem de sua atenção. Além disso, esse arquivo será sobregravado sempre que você fizer o upgrade do Cinnamon, portanto, talvez seja necessário aplicar novamente o hack de vez em quando.