A melhor maneira de recuperar é usando o utilitário ecryptfs-recover-private de um LiveISO.
Digo isso porque isso garantirá que sua recuperação ocorra em um ambiente seguro, reproduzível e somente leitura.
Dito isto, você certamente pode executar ecryptfs-recover-private em um sistema em execução . Mas eu strongmente recomendo que você desconecte todas as instâncias do usuário que você está tentando recuperar e, em seguida, faça o login como root ou algum outro usuário.