Você está correto em usar a caixa de diálogo "Lauch Application" para criar associações de arquivos. Outra maneira de chegar ao diálogo no futuro é clicar com o botão direito no arquivo de interesse e escolher "abrir com".
O ubuntu-software-center trata os tipos de arquivos .deb e seria o que você gostaria de procurar se o link fosse diretamente para um arquivo .deb.
No entanto, neste caso, você pode abrir o 'apt:' uris. Este programa é chamado apt-url que, em uma instalação padrão do Ubuntu, pode ser encontrado em:
/usr/bin/apturl