Usando
sudo mksquashfs /path/to/original/install /path/to/baskup.sqfs
deve funcionar bem. Você precisará montar a instalação original e apontar /path/to/original/install
para o ponto de montagem.
Editar: para usá-lo sem compactação:
sudo mksquashfs /path/to/original/install /path/to/baskup.sqfs -noI -noD -noF -noX
Todas as opções -no ...
especificam remover a compactação o máximo possível.
Referência: link