Se você tem privilégios de root, pode usar o sftp e ssh para acesso remoto.
sudo apt-get install openssh-server
Você pode até montar sua pasta remota, basta adicionar a seguinte linha ao seu fstab:
sshfs#username@ip:/var/www /media/mywww fuse IdentityFile=/root/.ssh/id_rsa,defaults,nonempty,allow_other,idmap=user,uid=userid,gid=usergrpu 0 0
Localmente, você pode adicionar seu usuário ao grupo de dados www:
sudo adduser <username> www-data
sudo chown -R www-data:www-data /var/www
sudo chmod -R g+rw /var/www