Em suma, sim. Você pode adicionar um ppa com o deb (o Google faz algo semelhante por exemplo).
Eu tenho um aplicativo que estou empacotando para o Ubuntu.
Eu não gosto da ideia de que, se incluído nos repositórios do Ubuntu, não terei controle sobre a atualização desse aplicativo. Não quero que meus usuários fiquem presos em uma versão desatualizada por até seis meses. Eu também não quero que meus usuários tenham que adicionar manualmente um PPA para obter atualizações, pois o usuário alvo não terá conhecimento técnico para fazer isso.
Não há problema em que meu .deb adicione um PPA na instalação. Para que eu possa distribuir atualizações estáveis para meus usuários do Ubuntu.
Em suma, sim. Você pode adicionar um ppa com o deb (o Google faz algo semelhante por exemplo).