Eu tenho o mesmo problema.
Posso fazer com que o microfone funcione com audácia se eu selecionar hw: 0,0 como entrada de microfone.
Mas não consigo que fique como padrão.
Parece que o problema se resume a ambas as entradas de microfone (microfone interno e entrada de fone de ouvido no lado) sendo detectadas, mas apenas uma pode ser vista pelo gnome.
Não consegui defini-lo permanentemente, independentemente do que tentei. Eu tentei usar o pacmd, mas sem sucesso.
Eu já vi isso funcionando no Ubuntu 12.04.3 LTS, quando um colega o instalou no S210. E nesse caso, 2 microfones foram listados na configuração de som.
Se você conectar um fone de ouvido com um microfone, verá que ele funciona, porque é isso que está definido.
Curiosamente, se eu iniciar o pavucontrol e configurá-lo para o microfone, ele funcionará enquanto estiver aberto. Mas não vai ficar.