Normalmente, quando há problemas com um programa no WINE (especialmente um que deve ser suportado), a melhor coisa a fazer é instalar winetricks. Isso permite que você instale coisas como bibliotecas de links extras. Eu nunca usei o NoteBene e parece não haver informações sobre quais (se houver) truques que ele precisa, apenas que ele deve funcionar no WINE. Sugiro instalar winetricks:
sudo apt-get install winetricks
executando o seguinte para instalar algumas bibliotecas comuns:
winetricks msxml3 msxml4 wsh56 msscript comctl32 jscript
em algum momento, o instalador pode parar e pedir para você baixar alguns arquivos que normalmente abre o site e a pasta para baixá-lo. Depois disso, você pode precisar executar novamente o comando para fazer a instalação (não me lembro se ele faz uma pausa ou para, o terminal é bastante informativo se você ler a saída).